Elektrónový mikroskop má niekoľko častí
Elektrónový mikroskop sa skladá z troch častí: tubus šošovky, vákuové zariadenie a napájacia skrinka.
1. Tubus objektívu obsahuje najmä elektrónové zdroje, elektrónové šošovky, držiaky vzoriek, fluorescenčné clony a detektory. Tieto komponenty sú zvyčajne zostavené do valca zhora nadol.
Elektrónová šošovka sa používa na zaostrovanie elektrónov a je najdôležitejšou súčasťou tubusu elektrónového mikroskopu. Vo všeobecnosti sa používajú magnetické šošovky a niekedy sa používajú aj elektrostatické šošovky.
2. Vákuové zariadenie sa používa na zabezpečenie vákuového stavu v mikroskope, takže elektróny nebudú absorbované alebo vychyľované na jeho dráhe. Skladá sa z mechanickej vákuovej pumpy, difúznej pumpy a vákuového ventilu a je spojený s tubusom šošovky cez výfukové potrubie.
3. Napájacia skriňa sa skladá z vysokonapäťového generátora, stabilizátora budiaceho prúdu a rôznych nastavovacích riadiacich jednotiek.
