Existujú dva typy fluorescenčných mikroskopov z hľadiska ich optických dráh:
1. Transmisný fluorescenčný mikroskop: Zdroj excitačného svetla sa používa na vybudenie fluorescencie prechodom cez materiál vzorky cez kondenzorovú šošovku. Môžu sa použiť aj bežne používané koncentrátory tmavého poľa a bežné koncentrátory sa môžu použiť na nastavenie reflektora tak, aby presmeroval a postranné laloky excitačného svetla na vzorku. Toto je relatívne starý-módny fluorescenčný mikroskop. Jeho výhodou je silná fluorescencia pri malom zväčšení, nevýhodou však je, že jeho fluorescencia s rastúcim zväčšením klesá. Preto je lepšie na pozorovanie väčších vzoriek materiálov.
2. Fluorescenčný mikroskop s padajúcim svetlom je nový typ fluorescenčného mikroskopu vyvinutý v modernej dobe. Na rozdiel od vyššie uvedeného dopadá excitačné svetlo zo šošovky objektívu smerom nadol na povrch preparátu, pričom sa na zber fluorescencie používa rovnaká šošovka objektívu ako osvetľovací kondenzor a šošovka objektívu. K optickej dráhe, ktorá je od svetelného uránu vzdialená 45 stupňov, je potrebné pridať dvojfarebný rozdeľovač lúčov. Uhol, excitačné svetlo sa odráža do šošovky objektívu a zaostrí sa na vzorku. Fluorescencia generovaná vzorkou, ako aj excitačné svetlo odrazené od povrchu šošovky objektívu a krycieho skla, vstupujú do šošovky objektívu a vracajú sa do dvojfarebného rozdeľovača lúčov, čím sa oddeľuje excitačné svetlo a fluorescencia. Zvyškové excitačné svetlo je potom absorbované blokovacím filtrom. Ak sa použijú rôzne kombinácie excitačných filtrov/dvojfarebných lúčových separátorov/blokovacích filtrov, môžu spĺňať potreby rôznych fluorescenčných reakčných produktov. Výhody tohto fluorescenčného mikroskopu sú rovnomerné osvetlenie poľa, jasné zobrazenie a silnejšia fluorescencia s väčším zväčšením.
