Špeciálne štruktúry fluorescenčných mikroskopov zahŕňajú:
(1) Systém farebných filtrov
Blok farebného filtra je dôležitou súčasťou fluorescenčného mikroskopu a jeho základné komponenty pozostávajú z prvého bariérového filtra pre excitačné svetlo, druhého bariérového filtra pre emisné svetlo a zrkadla rozdeľujúceho lúč. Modely farebných filtrov a názvy rôznych výrobcov sú často nekonzistentné.
1. Filter excitačného svetla a filter emisného svetla: Na základe charakteristík zdroja svetla a fluorescenčného pigmentu sa zvyčajne vyberú nasledujúce tri typy zhody, aby poskytli excitačné svetlo v určitom rozsahu vlnových dĺžok a umožnili fluorescenciu excitovanej vzorkou prejsť a dostať sa do okuláru na zobrazovanie.
UV excitácia: Filter excitačného svetla môže umožniť prechod UV svetla a blokovať prechod viditeľného svetla nad 400 nm. Zodpovedajúci emisný svetelný filter umožňuje prechod modrého svetla a svetlo v zornom poli sa javí ako modré, ako napríklad pri farbení DAPI.
Excitácia modrého svetla: Filter excitačného svetla môže umožniť prechod modrého svetla a blokovať svetlo z iných vlnových dĺžok. Zodpovedajúci emisný svetelný filter umožňuje prechod zeleného svetla, ako sú značky farbenia GFP.
Excitácia zeleného svetla: Filter excitačného svetla umožňuje prechod zeleného svetla a blokuje svetlo z iných vlnových dĺžok. Príslušný filter emisného svetla zvyčajne umožňuje prechod červeného svetla, ako je napríklad farbenie rodamínom.
2. Polopriehľadný a poloreflexný farebný filter: Jeho funkciou je úplne blokovať prechod excitačného svetla a odrážať ho; A vyžarovať svetlo v príslušnom rozsahu vlnových dĺžok. Jeho model zodpovedá filtru excitačného svetla a filtra emisného svetla.
(2) Objektív a okulár
Je možné použiť rôzne šošovky objektívu, ale najlepšie je zvoliť šošovky s pridanou mierkou a redukciou chromatickej aberácie, pretože ich vlastná fluorescencia je extrémne nízka a ich svetelná priepustnosť (rozsah vlnových dĺžok) je vhodná pre fluorescenciu. Vzhľadom na skutočnosť, že jas fluorescencie obrazu v poli mikroskopu je priamo úmerný druhej mocnine pomeru clony šošovky objektívu a nepriamo úmerný jej zväčšeniu, na zlepšenie svetelnosti fluorescenčných obrazov by sa mala použiť šošovka objektívu s väčším pomerom clony. Najmä pri preparátoch s nedostatočnou fluorescenciou by sa mala použiť šošovka objektívu s vysokým clonovým pomerom a vysokou priepustnosťou svetla spolu s okulárom s čo najmenším zväčšením.
(3) Iné optické zariadenia
Reflexná vrstva zrkadla je zvyčajne pokrytá hliníkom, pretože hliník absorbuje menej ultrafialového a viditeľného svetla v modrofialovej oblasti, pričom odráža viac ako 90% (zatiaľ čo striebro má odrazivosť iba 70%). Vo všeobecnosti sa používajú ploché zrkadlá. Zaostrovacia šošovka, špeciálne navrhnutá a vyrobená pre fluorescenčné mikroskopy, je vyrobená z kremenného skla alebo iného skla, ktoré prepúšťa ultrafialové svetlo. Zariadenie s padajúcim svetlom, okrem toho, že má funkciu priepustného svetelného zdroja, je vhodnejšie na priame pozorovanie nepriehľadných a polopriehľadných vzoriek, ako sú hrubé listy, filtračné membrány, bakteriálne kolónie, tkanivové kultúry a iné vzorky. V posledných rokoch bolo vyvinutých mnoho nových typov fluorescenčných mikroskopov s použitím zariadenia s padajúcim svetlom, známeho ako fluorescenčný mikroskop s padajúcim svetlom.
