Existujú dva typy fluorescenčných mikroskopov z hľadiska ich optickej dráhy
1. Transmisný fluorescenčný mikroskop: Zdroj excitačného svetla prechádza cez materiál vzorky cez kondenzorovú šošovku, aby sa excitovala fluorescencia. Bežne sa používa kolektor tmavého poľa a obyčajný kolektor možno použiť aj na nastavenie zrkadla tak, aby sa budiace svetlo presmerovalo a obišlo na preparát. Ide o starší fluorescenčný mikroskop. Výhodou je, že fluorescencia je pri malom zväčšení silná, nevýhodou však je, že so zvyšovaním zväčšenia fluorescencia klesá. Preto je lepšie pozorovať väčšie vzorky materiálov.
2. Epi-fluorescenčný mikroskop je nový typ fluorescenčného mikroskopu vyvinutý v modernej dobe. Rozdiel je v tom, že excitačné svetlo dopadá zo šošovky objektívu dole na povrch preparátu, to znamená, že rovnaká šošovka objektívu sa používa ako osvetľovací kondenzor a šošovka objektívu na zber fluorescencie. Dichroický rozdeľovač lúčov je potrebné pridať do svetelnej dráhy, ktorá je vzdialená 45 stupňov od ľahkého uránu. Budiace svetlo sa odráža do šošovky objektívu a zachytáva sa na vzorke. Fluorescencia generovaná vzorkou a excitačné svetlo odrazené povrchom šošovky šošovky objektívu a povrchom krycieho skla vstupujú do šošovky objektívu súčasne a vracajú sa do dvojfarebného rozdeľovača lúčov, aby sa excitačné svetlo oddelilo od fluorescencie , zvyškové excitačné svetlo je absorbované blokovacími filtrami. Ako je zmena na kombináciu rôznych excitačných filtrov / dvojfarebného rozdeľovača lúčov / blokovacieho filtra, môže spĺňať potreby rôznych produktov fluorescenčnej reakcie. Výhodou tohto typu fluorescenčného mikroskopu je, že osvetlenie zorného poľa je rovnomerné, zobrazenie je jasné a čím väčšie zväčšenie, tým silnejšia je fluorescencia.
